Университет 1990-е гг.
В 1990-е годы наступил новый сложный этап развития Калининградского государственного университета.
Несмотря на трудности, в этот период активно развивалась образовательная и научная деятельность КГУ.
В 1990 году ученые калининградского университета получили 16 авторских свидетельств на изобретения. В 1991 году КГУ участвовал в конкурсе грантов, и проект под руководством доктора физико-математических наук С. Б. Лебле впервые в истории вуза победил.

В 1992 году был проведен Всероссийский научный семинар «Становление рыночных структур и активность человека»; прошла межрегиональная конференция ученых из России и ближнего зарубежья «Исторические изменения в языковой системе как результат функционирования единиц языка. В 1994 году утверждены советы по защите кандидатских диссертаций по специальностям «Теоретическая физика» и «Радиофизика» позднее «Океанология», «Охрана окружающей среды», «Экономика, планирование, организация управления народным хозяйством».

В 1994 году Ученый совет КГУ утвердил контракт с новым ректором доктором географических наук профессором Геннадий Михайлович Федоровым.

В 1994 году в университете открыта новая специальность – «Геоэкология».

В 1995 году на базе экономико-правового факультета открылись экономический и юридический факультеты. В апреле 1995 года, в Калининградском книжном издательстве была опубликована книга профессора К.К.Лавриновича «Альбертина. Очерки истории Кенигсбергского университета». Издан приказ ректора о создании Музея университета на базе кабинета-музея И.Канта.

В 1996 году Госкомитет РФ по высшему образованию разрешил КГУ вести подготовку студентов по специальностям «Прикладная математика», «Педагогика и психология», «Социально-культурный сервис и туризм», «Геоэкология». В 1996 году в калининградском университете начался набор студентов на новую специальность – «Философия». В создании философского отделения огромную роль сыграли преподаватели калининградского университета, профессора В. Ф. Овчинников и В. Н. Брюшинкин. Новые специальности открывались в КГУ и в последующие годы.


В 1997 году профессору Е. В. Краснову присуждена премия «За будущее Балтийского моря» (Финляндия) за большой вклад в работу по программе «Балтийский университет» и развитие международного сотрудничества по вопросам защиты окружающей среды на территории стран Балтийского моря. 14 марта 1997 года на историческом факультете была открыта мемориальная доска первому декану факультета профессору Г. П. Жидкову.

В 1997 году КГУ получил лицензию на подготовку студентов по специальностям «Изобразительное искусство и черчение», «Коммерция» и «Маркетинг».

В 1998 году КГУ получил лицензию на право обучения студентов по специальностям «Организация перевозок и управления на транспорте» и «Организация дорожного движения».

30 сентября 1998 года приказом министра общего и профессионального образования РФ новым ректором КГУ был избран кандидат исторических наук Андрей Павлович Клемешев.

В 1999 году приказом Министерства общего и профессионального образования РФ КГУ разрешено ведение образовательной деятельности по специальностям «Финансы и кредит» и «Биоэкология».

В 1999 году профессору В. В. Орленку была присуждена Большая золотая медаль Русского географического общества за монографию «История океанизации Земли».

В начале 1993 года были налажены связи с университетами Киля, Гамбурга и Гейдельберга (Германия), укреплены отношения с Высшей педагогической школой города Ольштын, Познаньским университетом, установлены отношения с Гданьским университетом (Польша).
Также в рассматриваемый период Калининградский государственный университет перешел к более комплексной и глубокой проработке проблем Балтийского региона.
В 90-е годы у университета появилась возможность внедрения в научный и образовательный процесс новых технологий и освоения навыков их применения.
В 1997 году на базе КГУ был создан областной Центр новых информационных технологий (ЦНИТ).

В том же году КГУ стал единственным из вузов региона участником Федеральной целевой программы «Государственная поддержка интеграции высшего образования и фундаментальной науки» по созданию учебно-научных центров философии, физики ионосферы, геомагнитных процессов и распространения радиоволн, океанологии и геоэкологии.
12 октября 1999 года открылся Интернет-центр Калининградского государственного университета.

В 90-ые годы университет сумел не только сохранить лучшие традиции прошлого, но и, несмотря на трудности, охватившие всю страну, смог развиваться, открывая новые образовательные программы и научные направления.