Университет 2000-е гг.
Одним из центральных событий «нулевых» годов, коренным образом преобразивших облик вуза, стало переименование в 2005 году университета в Российский государственный университет имени Иммануила Канта. Идея была поддержана Президентом России Владимиром Путиным, который лично принимал участие в церемонии переименования.

В своей речи он подчеркнул: «Кант в первую очередь выдающийся деятель немецкого просвещения, но не только. В силу своего огромного вклада в мировую культуру он относится к той категории людей, которых мы по праву называем людьми мира. Мне очень приятно, что здесь, в Калининграде, не предают забвению имя Канта, а, наоборот, прославляют его и присваивают его имя университету. (…) Он (Кант) имел прямое отношение к нашей стране, к России».

Следующим важнейшим этапом развития стала победа в конкурсе национальных проектов «Образование».
Университет получил грант в 450 млн.руб. на приобретение лабораторного научного оборудования. С этого времени началась модернизация инфраструктуры университета и его материально-технической базы. В университет стали приезжать преподаватели-исследователи самого высокого класса. Результатом участия вуза в проекте «Образование» стало существенное обновление инфраструктуры вуза.

Было закуплено современное научное оборудование, открыты научные центры и лабораторные комплексы, появились новые научные приоритеты.
Дальнейшим этапом развития стало решение федеральных властей о предоставлении университету статуса федерального.
Университет стал Балтийским федеральным университетом имени Имманула Канта, одним из 10 федеральных университетов России.
Постановление было подписано в 2010 году Председателем Правительства Российской Федерации Владимиром Путиным. Правительство Российской Федерации утвердило Программу развития вуза, в рамках которой выделялись 5 млрд. руб на модернизацию материально-технической базы; приглашение ученых; повышение квалификации преподавателей; создание новых образовательных программ.

1 апреля 2013 года состоялась встреча ученых, преподавателей и студентов университета, работающего уже в статусе федерального, с Президентом Российской Федерации В.В. Путиным, который отметил: «…я думаю, что Кант может быть и должен быть не только символом вашего университета, но в известном смысле символом всего региона, всей Калининградской области, даже не только Калининградской области».
Свою миссию БФУ им. И. Канта видит в том, чтобы быть социокультурным и научно-образовательным форпостом России в центре Европы, способным защищать и транслировать традиционные ценности отечественной культуры, формировать и развивать перспективные компетенции, которые обеспечивают эффективное развитие эксклавного региона России.

Функционально университет осуществляет технологическую, инфраструктурную поддержку и кадровое обеспечение инновационного развития эксклавного региона России – Калининградской области. Выпускники БФУ им. И. Канта являются основой кадровой политики региона, особенно в сфере образования, туризма, юриспруденции, здравоохранения, территориального планирования, природопользования, экологии, информационных технологий, спорта, синхронного и последовательного перевода, транспортной логистики, медиа и др.

Председателем Наблюдательного совета БФУ им. И. Канта является врио губернатора Антон Алиханов, членами совета - ведущие предприниматели Калининградской области, деятели науки и образования России.
Основные вехи развития университета:
  • Создание при поддержке правительства Калининградской области медицинского факультета, затем преобразованного в мединститут (2006 год);
  • Присвоение университету статуса федерального (2011 год);
  • Открытие научно-технологического парка "Фабрика", где концентрируются основные научные лаборатории университета (2013-2014 годы);
  • Успешное выполнение программы развития позволило нашему вузу в 2015 году стать одним из победителей конкурсного отбора престижного федерального проекта «5-100» по повышению международной конкурентоспособности российских университетов.
  • Создание научно-исследовательского подразделения «Академия Кантиана» (2017 год);
  • Открытие детского технопарка "Кванториум", который объединяет одарённых школьников и студентов (2017 год);
  • В 2017 году Университет прошел федеральный конкурсный отбор в качестве регионального научно-образовательного математического центра;
  • В августе 2017 года БФУ им. И. Канта победил в конкурсе «Современная цифровая образовательная среда в РФ» на создание регионального центра компетенций в области онлайн-обучения.

Сегодня БФУ им.И.Канта представляет собой крупнейший в регионе образовательный, научный культурный, просветительский центр. На программах высшего среднего, высшего, дополнительного и послевузовского профессионального образования проходит обучение более 14 000 человек. В университете работает 2 тысячи сотрудников, из них 1000 преподавателей.
Создана современная научная инфраструктура, на которой ведутся исследования в области современного материаловедения; медицинских биотехнологий; межкультурной коммуникации, региональной экономики, философии, русской филологии и др. БФУ им. И. Канта входит в ТОП 100 лучших вузов России согласно ведущему национальному рейтингу «Эксперт».

В университете действуют диссертационные советы, издаются научные журналы, ведется активная студенческая жизнь. Три года подряд БФУ им. И. Канта является победителем конкурса программ развития деятельности студенческих объединений, проводимого Министерством образования и науки РФ.

Одним из ведущих направлений развития университета является укрепление человеческих и профессиональных связей с большой Россией, развитие человеческого капитала Калининградской области. В 2017 году больше 26% зачисленных прибыли в Калининградскую область из-за пределов региона.